牛球虫病以出血性肠炎为特征。寄生于牛的球虫有10多种，主要寄生于小肠下段和整个大肠的上皮细胞内，以邱氏艾美尔球虫和牛艾美尔球虫的致病力最强且最常见。随粪便排出的球虫称为卵囊，在外界一定条件下发育成熟，且有侵袭性。

主要危害6月龄以下的犊牛，老龄牛多为带虫者。本病多发于4~9月；在潮湿、沼泽的草场上放牧易感染和发病；饲料突变，患有某种传染病或肠道线虫病，机体抵抗力降低时，易诱发此病。

潜伏期约为2~3周，有时达1个月。发病多为急性型。主要症状为腹泻、便血、精神沉郁、体温升高至40~41℃。食欲减退或废绝，贫血，消瘦，产奶量下降，粪便呈黑色，并不断由肛门流出，最后因贫血和衰弱死亡。慢性型一般在发病后3~5天逐渐好转，但下痢和贫血症状持续存在，直接影响生产发育和产奶。

诊断临床上以血便、粪便恶臭、剖检见直肠有特殊的出血性炎症和溃疡最具诊断意义；镜检粪便和直肠刮取物，发现卵囊可以确诊。