抗菌药物可分天然抗生素、天然半合成抗生素和化学合成抗菌素，按药物的化学结构不同可分为酰胺醇类抗菌药、青霉素类抗菌药、头孢菌素类抗菌药、氨基糖苷类抗菌药、大环内酯类抗菌药、林可胺类抗菌药、喹诺酮类抗菌药、四环素类抗菌药、磺胺类抗菌药等。
酰胺醇类抗菌素的主要优点是动物专用抗菌素，除了对革兰氏阴性菌、阳性菌广谱高效作用外，其对支原体和厌氧菌的效果也是很好的其它。并且，临床使用其残留很低，休药期很短，没有酰胺醇类抗生素的副作用。尤其适用于畜禽临床细菌性、支原体性呼吸道病的治疗和预防。
青霉素类主要适用于呼吸道、皮肤软组织、泌尿生殖道等感染性疾病的治疗，其优点是杀菌作用强，毒副作用少，大小动物使用均较安全，口服不影响肝、肾功能；但是，对严重肾功能损害者也要慎用。
头孢菌素类的主要优点是其抗菌谱广、抗菌作用强、毒性低、过敏反应较少；但是，目前其价格较昂贵，应用第三、四代头孢菌素后，患病畜禽易发生菌群失调，引起二重感染。
氨基糖苷类主要适用于下呼吸道、泌尿道、肠道感染等，对革兰阴性杆菌有良好的杀灭作用。
大环内酯类主要适用于呼吸道、皮肤软组织感染，特别适用于支原体、衣原体、军团菌、幽门螺旋菌感染的治疗。
林可胺类主要适用于厌氧菌所致的各种感染和呼吸道感染。
喹诺酮类优点是抗菌谱广、抗菌作用强。恩诺沙星、乳酸环丙沙星和盐酸环丙沙星主要用于肠道、尿路与全身感染的治疗；对全身感染的治疗，效果也很好。作用部位主要包括呼吸道、皮肤软组织、心脏、肝脏、胃肠道等。
四环素类由于四环素、土霉素和金霉素耐药菌株日益增多和药物的不良反应严重，一般不做首选用药。而盐酸多西环素例外，其作为新一代的四环素类药物，不仅没有其它四环素类药物的缺陷，而且其稳定性大幅提高和副作用很小。
磺胺类药物的不良反应主要有泌尿系统损害、过敏反应、血液系统反应、神经系统反应和对肾功能的严重危害等，鉴于其不良反应突出及药物残留过高，畜禽临床应用长期不看好且明显受限。
目前，抗菌素的使用主要存在如下误区：
第一，将抗生素等同于消炎药或感冒药。抗生素适用于细菌引起的炎症，而对无菌性炎症如过敏性哮喘无效。同样，抗生素也不宜用于治疗病毒性感冒。如果滥用，会杀死体内正常有益细菌，引起菌群失调，导致其它疾病。
第二，迷信新药、好药、贵药。每种抗生素的优势、劣势不同，要因病、因靶动物不同选择。有的虽然是老药，但药效较稳定，价格便宜，由于不经常使用，疗效反会好。如价格便宜的红霉素对军团菌和支原体感染的肺炎有较好疗效，而价格较高的碳青霉烯类抗生素和第三代头孢菌素对这些疾病的疗效就不如红霉素。
第三，认为广谱抗生素比窄谱抗生素效果好。应用抗生素治疗感染时，体内正常菌群会被杀灭或抑制。抗生素影响范围取决于抗菌谱的广或窄，抗菌谱越广，受影响的细菌越多，受杀灭或抑制的正常菌群越多。因此，治疗感染性疾病应根据病原菌有针对性地选用窄谱抗生素，以避免或减少对正常菌群的影响。
第四，使用某种抗菌素一两天后未明显好转，就换用其他抗生素，或加用其他抗生素。治疗时间长短取决于感染的严重程度、临床反应和细菌种类，急性感染的疗程一般5~7 d，或症状和体征消失3d后方可停药。同时使用几种抗生素。抗生素联用是为了提高疗效，降低毒性，延缓或减少耐药性的产生。
不合理联合用药不仅不增加疗效，反而可能降低疗效，增加不良反应或细菌耐药性。因此，联合用药应予以严格控制。联合用药指征为混合感染、严重感染、一般抗菌药不易深入部位的感染(如结核性脑膜炎)、容易出现耐药或必须长期治疗的慢性感染(如结核病)等。同时应避免联合使用毒性相同的抗生素。
因此，抗菌素的使用应掌握以下原则：严格掌握适应证，根据抗生素的抗菌谱、疾病的临床诊断及细菌学检查等选择用药。能用窄谱的就不用广谱的，能用低级的就不用高级的，用一种能解决问题的就不用两种，轻度或中度感染一般不联合使用抗生素，可用可不用的尽量不用(如一般病毒感染或原因不明的发热)。另外，还应根据患者的病情、体质、肝肾功能等确定适宜的使用方法，剂量要适当，疗程要足够。
