球虫病危害，对规模化家禽来说应该是一个值得重视的问题；有养鸡的地方就有球虫，所有的鸡群都有球虫病存在，很多时候通过粪便不容易看得出来，多数从业人员更缺乏防控意识。对规模化家禽养殖来说，要重视它的危害，看清它的危害；需要把预防球虫危害的问题重视起来，防止这个病对生产性能的危害，影响养殖效益。目前来说，蛋鸡、种鸡、肉鸡均发病比较普遍，造成直接危害都是肠道的损伤，是肠粘上皮细胞、组织粘膜脱落，影响消化吸收功能；在临床上它的危害主要体现在几个方面。八种球虫在肠道繁殖过程中，都可以损害肠粘膜上皮细胞、组织，均可以造成鸡采食欲减退，引起采食量减少现象。各种球虫虽然主要寄生部位有差异，但是都会造成肠道黏膜对饲料营养的消化吸收障碍，使鸡只鸡群表现有营养缺乏特征；表现在结果就是出现营养代谢性疾病，和生产性能减弱。如产蛋率不升，上不到高峰，蛋壳质量差等；肉鸡体重不达标现象。各种球虫在肠道繁殖中，对肠黏膜上皮组织和固有层淋巴细胞有明显损坏，破坏了肠道内环境的平衡，使一些有害阳性菌快速繁殖；如产气荚膜 梭状芽孢杆菌感染形成的坏死性肠炎，最为普遍。小肠球虫引起的肠道黏膜的损伤，促使了营养吸收出现问题，导致机体生长缓慢体重不达标或下降等现象。
球虫中“巨型、和缓、毒害、早熟艾美耳球虫”会直接引起肠道对“叶黄素、胡萝卜素”吸收，色素从肠道都排出体外；造成鸡体表皮肤、鸡腿鸡爪、鸡蛋壳、蛋黄颜色色泽减退现象。因此，养殖者如果需要鸡有好皮肤颜色、蛋壳蛋黄颜色，就必须要重视这四种球虫亚临床感染的预防。
也因为小肠球虫感染造成肠道对营养吸收障碍，对青年鸡来说，到60日龄了，结果体重不达标；到15-16周龄鸡群该加光照时间了，结果体格发育不够，生殖器官发育不足；一旦到了开产日龄，就出现“脱肛、啄肛、泄殖腔破裂”，甚至出现产蛋没有产蛋高峰，或高峰期来临太 慢，或产蛋率高峰持续时间短等。肉鸡出栏时候体重不达标，不只霉菌毒素问题，也有慢性小肠球虫感染问题。
从各个方面看，各种球虫的危害大同小异，共性是特点：多球虫共感染普遍，容易造成肠道黏膜损伤和食欲减退、消化吸收障碍；最终，造成饲养成本增加，减少养殖效益。
因此，蛋鸡、种鸡、肉鸡养殖从业人员都要重视对各种小肠球虫感染的预防。首先，从认识上要了解小肠球虫危害现状，重视对小肠球虫的预防；改变“笼养鸡没有球虫感染”观念；要知道，目前蛋鸡产蛋率不高、不升，肉鸡体重不增、采食量不增，包括蛋壳颜色、蛋黄颜色是不佳均与球虫一定是有直接关系。其次，在有效控制药残和限抗同时，要适度做好药物预防；掌握预防关键点，包括时间节点、发病特点等。药物选择西药和中药之分，在药物可用时间段，把西药（盐酸氨丙啉磺胺喹噁啉钠可溶性粉）使用到位有效控制或防止感染；在西药不可使用，为防止残留可以采用中药；如青蒿素、常山酮等。抗球虫药。氨丙啉对鸡的各种球虫均有作用，其中对柔嫩与堆型艾美耳球虫的作用最强，对毒害、布氏、巨型、和缓艾美耳球虫的作用较弱。主要作用于球虫第一代裂殖体，阻止其形成裂殖子，作用峰期在感染后的第3日。此外，对有性繁殖阶段和子孢子亦有抑制作用。可用于预防和治疗球虫病。作用机理是由于其化学结构与维生素B1的相似，可竞争性地抑制球虫对维生素B1的摄取，从而妨碍虫体细胞内的糖代谢过程，抑制球虫的发育。磺胺喹噁啉对鸡巨型、布氏和堆型等小肠艾美耳球虫作用强，但对柔嫩及毒害艾美耳球虫作需用较高剂量才有效。磺胺喹噁啉抗球虫活性峰期是在第二代裂殖体（球虫感染第4日）。氨丙啉与磺胺喹噁啉合用可扩大抗球虫谱，增强疗效。
