动物身上使用兽药后，药物或其代谢物有可能蓄积或留存在肉和内脏或者进入奶、蛋等畜禽产品，这些进入食品的兽药就是兽药残留。“吸收”、“分布”是药物进入动物体内发挥作用并残留的过程。“代谢”、“排泄”是药物从动物体内清除的过程。 在规范使用的情况下，绝大部分药物被代谢和排泄掉，在动物体内的残留水平很低。“休药期”（WithdrawalTime, WDT）是指从动物停止用药到允许上市销售的间隔时间。在这段时间里，动物体内的药物残留被逐步代谢和排出体外，其残留水平下降到限量值以下，肉、蛋、奶等动物性食品的安全性得以保障。不同药物在动物体内代谢的规律不同，因此不同药物的休药期也可能不同。任何物质都需要达到一定的量才会导致健康危害。通常情况下，食品中药物残留的量很低，一般不足以产生健康危害。如果兽用抗菌药残留达到较高水平且长期摄入，可能带来过敏反应、慢性毒性、破坏胃肠道菌群平衡等健康影响。最高残留限量（MaximumResidue Limits, MRLs）指动物性食品中规定的药物残留最高浓度，它是基于一套严格且复杂的科学评估程序得出的。由于评估时留下了很大的安全系数，因此按照正常的饮食结构，只要残留不超标，终生食用都不会对人体健康造成危害。（3）可以用于食品动物，但不得检出兽药残留的兽药9种。（4）农业部明令禁止使用的兽药31种，比如瘦肉精。目前国际食品法典（CAC）制定了67种兽药残留限量，并对12个兽药提出了风险管理建议。各国结合本国实际，分别制定了本国标准，例如美国已制定95种兽药的残留限量，欧盟有139种。我国兽药残留限量标准中有98%的可比项目已达到或超过国际标准。当养殖动物抵抗力下降时，致病微生物就会使它们生病。若不及时治疗，疾病容易在养殖动物中扩散，严重影响动物健康，导致产品质量下降并降低产量。有时动物生的病还可能传染给人，例如猪链球菌病、猪丹毒等，这些疾病叫“人畜共患病”，对人和动物的健康都是巨大威胁。及时、合理的使用抗菌药，既可以保障消费者健康，也可以保障产品质量，还可以避免经济损失。抗菌药在防治畜禽疾病方面发挥了重要作用，它是当今全球畜禽养殖业大规模、集约化发展的基石之一。有时动物感染了多种致病微生物，一种抗菌药无法起效，不得不使用多种药物。有时两种抗菌药可以“互相帮助”，用更少的量就能实现更好的抗菌效果，同时降低或避免毒副作用，最典型的例子是青霉素和链霉素联用。多种抗菌药的联合打击可以减少“漏网之鱼”，避免或延缓细菌耐药性的产生。当然，多数情况下只需用一种抗菌药，联合用药仅适用于少数情况，且一般二联即可，三联、四联并无必要。兽药的总使用量在很大程度上取决于养殖规模和人口规模，因此我国的兽药总使用量必然比许多国家要高。我国是世界上人口最多的国家，肉蛋奶的消费量巨大，因此动物养殖规模也十分庞大，2013年全国畜禽出栏和存栏总量已达到：1.5亿头牛、5.6亿只羊、12亿头猪、120亿只禽。美国的动物养殖规模世界第二，其兽药使用量同样远高于其他国家。当然，我国养殖业也存在一些兽药使用不合理或者滥用的情况，需要进一步加强监管和引导。
近年来，随着农产品质量安全监管不断深入，处罚力度加大，兽药滥用的情况得到一定的遏制，兽药残留的整体状况较好。农业农村部监测数据显示，2020年，6683批畜禽产品样品中，合格6649批，样品合格率99.49%。50批蜂产品中，合格47批，样品合格率94.00%。
