中草药当中有一些本身就是很好抗菌剂和驱虫剂，如中药驱虫药槟榔、使君子、醉鱼草以及抗球虫的常山、白头翁等。而大部分的中草药是以祛邪兼扶正为主要功能，这些中草药抗菌抗感染的作用原理主要包括对微生物的毒力 （ 侵袭力和毒素 ） 或直接杀灭力，对机体组织却起增强作用，使机体组织的抗菌功能、网状内皮系统吞噬功能以及诱生干扰素和其它抗炎抗过敏的功能加强。在生态养殖中，临床上广谱抗菌的中草药常用药有鱼腥草、大青叶和板蓝根、金银花、连翘、黄连、黄芩、黄柏、大蒜、紫花地丁等。至于病毒性的疾病，许多中草药也能显著的改善症状，达到理想的防治作用。例如常用于抗流感病毒的中草药有鱼腥草、柴胡、大黄、青黛、板蓝根、金银花、野菊花、一枝黄花、黄芩等。
而这些中草药对细菌和病毒的作用机理，除了部分中草药对细菌和病毒有直接抑制作用外 （ 如金银花可作用于细菌的细胞壁，抑制其合成，黄柏抑制细菌的呼吸和抑制细菌核糖核酸的合成，大蒜使细菌缺失半胱氨酸，而使细菌不能进行生物氧化 ），大多数中草药是增强器官组织、屏障防御或者充当“适应原”样的作用，对动物的机能紊乱进行调整和增强机体对有害刺激的抵抗力。鉴于中草药的这些特殊功能，非常适用于生态养殖场的疾病防治和驱虫消毒作用。
中草药用于畜禽的催肥增重，在我国已有千百年的历史，成书于东汉年间的我国第一部中药学专著《神农本草经》中， 就有“梓叶吸猪，肥大三倍”的记载。特别是近年来，又掀起了中草药饲料添加剂的热潮，如今这一类添加剂几乎涉及所有的畜禽，种类颇多。当前中草药饲料添加剂市场上，猪的中草药饲料添加剂种类最多，其功能有消食导滞、理气健脾、驱虫消积、除邪清热等。
针对猪的胃肠容量大，采食量也大等生理特点，其添加剂中，以健脾消食为主。哺乳仔猪以乳食为主，消化能力较弱，应以麦芽、山楂、神曲为主；架子猪和育肥猪为了健肥长膘，除了开胃健脾的中草药外，还应适当辅以少量安神的中草药，使猪食后即睡，提高其催肥效果。
虫积和咳喘是造成僵猪和影响增重的主要原因，所以猪用添加剂中大都加入槟榔、贯众、百部等驱虫除积、止咳平喘的中草药。禽类体温高，基础代谢高，消化道短，对饲料的消化、吸收、排泄也快。
在选用中草药作为添加剂时，宜回阳通脉、温里补气、健胃消食。因禽类不受刚燥，也不耐粘滞，既不能泻下，也不宜峻补，处方宜选用平补、消导之类中草药。况且，禽类又有肉用、蛋用的不同，选用中草药作添加剂时，处方都得灵活掌握。
球虫、白痢是影响禽类生长的重要疾病，所以在添加剂中应适当地配入地锦草、旱莲草、苦参、白头翁、大黄、地榆、仙鹤草之类抗菌消炎、清热燥湿的中草药。艾粉、辣椒粉在禽类添加剂中经常采用。艾粉除具备回阳通脉、温里散寒功能之外，对痢疾杆菌、伤寒杆菌有较强的抑制作用。辣椒粉富含蛋白质、脂肪、胡萝卜素、维生素和大量的钙、磷、铁等微量元素，对鸡球虫病、枯草杆菌有明显的抑制作用。此外，还有提高产蛋率、使蛋黄颜色变深、矫正饲料异味、增加适口性等优点。
中兽药最大的优点在于，它治疗动物疾病，并不是治疗一个点，而是整个过程。动物得病并非一朝一夕，而中兽药的多靶位的特，正好可以对症下药，从发病季节，病因，病理，病症等下手，掌握整个疾病的趋势和反应，循序渐进调整，以点带面，从而科学的治疗动物的疾病。
