2019年6月出版的《Journal of Infection》刊载了扬州大学、中国科学院微生物研究所、河南农业大学、中国农业大学等多家科研单位对来自我国活禽市场的活禽肠道微生物耐药基因多样性以及多黏菌素耐药基因（mcr-1）分布情况的调查结果。研究人员从我国18个省/市的活禽市场采集了753份粪便样品，对130份代表性样品进行肠道微生物组学研究，获取的数据与下载的9879896个人肠道微生物冗余基因以及7685872个猪肠道微生物冗余基因进行了比对分析。

结果显示：来自活禽市场的家禽肠道菌群门水平位居前三位的是厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门，属水平位居前三位的是乳杆菌属、拟杆菌属、劳特氏菌属（Blautia）；家禽、人和猪的肠道微生物分别含有539、249、224种耐药基因，禽源耐药基因无论是数量还是丰度都显著高于人源和猪源，其中四环素耐药基因（TcR）是食品动物和人最常见的耐药基因；mcr-1、mcr-3、mcr-4、mcr-5是我国活禽市场广泛流行的耐药基因，其中mcr-1在活禽市场样品中检出比例高达59.63%（见图1，来自文章）。mcr-1基因是一个新型耐药基因，由我国华南农业大学刘健华和中国农业大学沈建忠教授课题组首次报道于2015年11月刊发的《Lancet Infectious Diseases》，该基因是由质粒介导的可在不同细菌间转移的多黏菌素类耐药基因。

基于研究结果，研究者认为我国活禽市场是耐药基因的一个储存库，可能存在导致耐药基因从食品动物转移到人的较高风险。